Потомок иреванских ханов Гаджиев Джафар Зейнал оглу родился 8 мая 1910 года в Иреване, в учительской семье. В 1918 году вместе с семьей он переехал в Гянджу. В 1925-1929-х гг. получил образование в Азербайджанском государственном педагогическом институте. По окончании факультета языка и литературы в 1932-1941-х гг. поступил в аспирантуру и в то же время работал ассистентом, а затем доцентом на кафедре литературы. Он занимал должности декана факультета языка и литературы Педагогического института им. М. Ф. Ахундова, заведующего кафедрой Азербайджанского государственного педагогического института, заведующего отделом Института языка и литературы АН Азербайджана, а также секретаря организации в Союзе писателей Азербайджана, ответственного секретаря редакции «Адабият газети» («Литературная газета»), заведующего отделом литературы в редакции «Гяндж ишчи». В 1939 году он защитил кандидатскую, а в 1948 году докторскую диссертации. В 1941 году был мобилизован в ряды Советской армии, служил на Юго-Западном и Северо-Кавказском фронтах в качестве главного инструктора, а также заместителя ответственного редактора фронтовых газет. После демобилизации Хандан работал доцентом на кафедре азербайджанской литературы Азербайджанского государственного университета и, в то же время. заведующим отделом культуры и быта в газете «Коммунист» (1946-1947). Он также занимал должности декана факультета филологии (1947-1950), а затем и ректора университета (1950-1954). В 1954-1961-х годах он вновь стал заведовать кафедрой советской литературы Азербайджанского государственного университета.

В 1961 году Джафар Хандан скончался в Баку. Одна из улиц Баку носит его имя.